PCR實驗室綜合廢水處理系統主要由廢水收集單元、手動自動調節單元、預處理單元、自動加藥單元、混凝氣浮攪拌單元、絮凝助凝沉淀單元、沉降分離單元、固液分離單元、污泥干化單元重金屬捕捉單元、過濾吸附單元、活性微電解處理單元（選配）、生物氧化單元、光催化氧化反應技術處理單元等技術工藝組成。整套工藝技術先進、簡單高效。
工藝設計之初便充分考慮到廢水處理環節需要足夠的反應時間，只有這樣，廢水中的有害成分才能*去除。每一個單元的工藝、反應箱的容積、反應時間都經過科學的推算和反復試驗。整套系統處理工藝按照國標或者客戶值定的標準進行設定，全自動、確保處理效果。
PCR實驗室綜合廢水處理系統運行采用PLC可編程控制系統和人機界面操作系統、遠程監控及操作系統（選配多個水質參數自動在線監測。針對不同實驗室廢水的成分和濃度，控制系統自動進行計算，然后按比例進行自動投放藥品，無需人工添加和值守。
PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染，在實際工作中。常見的有擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染；標本間的污染等等。同時，這一類實驗室所產生的廢水成分復雜，一般都含有鉛、汞、鉻、六價鉻、銅、鋁、錳等重金屬以及大量細菌、病毒、蟲卵等致病病原體，還有化學藥劑、放射性同位素、各種器皿的洗滌而產生的廢水等。
PCR實驗室在建設的原則上應分為四個單獨工作區域：試劑準備區、標本制備區、擴增區和擴增產物分析區。為了避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向原則，即只能從試劑準備區→標本制備區→擴增區→擴增產物分析區，不得逆向流動，并且各區*獨立，如為一個區套一個區的模式，區間不能直通，則必須建有緩沖間，保證兩個區域間始終處于隔離狀態。
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