醫療污水處理設備設計工藝采用“二級生化降解+消毒”工藝，主要是A/O生物降解處理工藝，通過接觸反應，可以將污水中的有機污染物指標有效的降低到排放標準；消毒處理是對醫療污水中的大量細菌進行有效滅菌處理，通過控制接觸消毒時間和投加藥劑方式，將細菌數量長期控制在較低的水平，使過濾系統的出水保證達到水質要求。
醫療綜合污水排放一般分成兩部分：
其一為生活污水，其二為醫療污水，一般有相關病床以及醫療實驗所產生的廢水。醫療污水來源及成分復雜，含病原性生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染物等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。
醫療污水處理設備工藝選擇原則為：
傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。對于處理出水最終進入二級處理城市污水處理廠的綜合醫院，應加強其處理效果，提高SS的去除率，減少消毒劑用量。
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